Zanlılarının çoğu emekli askerler ve İşçi Partisi üyelerinden oluşan Ergenekon, birçokları tarafından terör örgütü olarak görülüyor. Danıştay saldırıları, Hrant Dink cinayeti ve Cumhuriyet gazetesine atılan bombalar gibi Türkiye’yi derinden yaralayan olayların sorumlusu oldukları iddia ediliyor.